Флешки давно не монтировал, но насколько я помню, при монтировании флешек всем файлам даются права 777 & ~umask , скорее всего, умаск в случае автомонтирования берётся у текущего юзера. То есть права на исполнение по дефолту есть у всех файлов. Для того, чтобы убрать его у файлов, у vfat есть опция монтирования fmask, которую нужно выставить в 0133. Где это делать - не знаю, вероятно, где-то в недрах hal.
В Gnome и Nautilus в "свойствах" примонтированного устройства как папки можно указывать параметры, передаваемые mount при монтировании. Полагаю, в KDE что-то подобное тоже должно быть.
По-моему, кедовская переключалка берёт параметры монтирования как раз таки из hal. Если что - поглядеть, как примонтирована флеха можно в выводе mount. Если все параметры верны (fmask стоит), а права на исполнение у файлов всё равно стоят, нужно копаться уже где-то в настройках кедового файлового менеджера.