1) удалить само старое ядро (обычно один из файлов в /boot, конкретнее можно посмотреть в файле конфигурации загрузчика - /etc/lilo.conf или /boot/grub/grub.conf).
2) Удалить старый System.map (там же)
3) удалить старые исходники ( /usr/src/<где-они-там> )
4) удалить старые модули (/lib/modules/<старая uname -r>