[gentoo]Не улувливаю отличия...

--deep (-D)
              This flag forces emerge to consider the entire dependency tree of  packages,  instead  of  checking
              only  the immediate dependencies of the packages.  As an example, this catches updates in libraries
              that are not directly listed in the dependencies of a package.  Also see --with-bdeps for  behavior
              with respect to build time dependencies that are not strictly required.

эмердж с зависимостями, которые не нужны?

man emerge почтитать слабо?

emerge world пересоберёт все пакеты, прописанные в world.
emerge -u world пересоберёт только те из них, которые можно обновить.
emerge -D world пересоберёт пакеты, прописанные в world, и не прописанные в world, от которых они зависят.
emerge -uD world пересоберёт только те из них, которые можно обновить.

Другие полезные ключи:
-N — пересобрать пакеты, для которых изменились флаги USE;
-v — сообщать подробности;
-a — перед началом установки задать вопрос "вы действительно хотите поставить всё эти пакеты?"

Так что, да, emerge world означает "не глядя пересобрать все программы кроме установленных с ключом --oneshot". То есть понты. Правильнее будет emerge -uDva world или emerge -uDvaN world.