Альтернативная загрузка Linux & Win2000

Добрый день! Ситуация явилась следствием первых шагов по освоению Linux. На машине был установлен Win2000 на одном HD. Затем он был отключен и вставлен другой HD, на который была инсталлирована Ubuntu. Через некоторое время встал вопрос одновременной работы двух ОС. После этого были подключены оба HD c загрузкой Win2000. Было желание откорректировать NTLoader с перенаправлением загрузки по второму пункту на Ubuntu. Но появилась проблема: Win2000 дико тормозит, так как те понимает файловой структуры нового диска. Возможна ли в принципе реализация такого варианта, не спасет ли ситуацию применение специальных загрузчиков? Просто под Win2000 очень много чего установлено разными людьми (рабочая машина) и очень не хочется трогать эту операционку. Спасибо.