Спасибо за информацию.
А вопросы будут?

Можно ли это исправить или это баг

У меня такое бывало при изменении разрешения экрана. Связывал это с глюками в драйверах для видеокарты, когда разрешение экрана менялось в процессе входа в графическую сессию.
Также такое наблюдалось при запуске в вайн полноэкранных приложений, которые меняли разрешение экрана на меньшее. Менеджер просто подстраивается под новое разрешение экрана. Такое наблюдается не только в циннамоне.

Как я понял, это не исправить?

Это происходит только на десктопе? Или и в файловом менеджере при просмотре файлов в каталоге?
В первом случае просто не захламляй десктоп. Понимаю, что звучит как поражение, но возможно есть проблемы со считыванием параметров из монитора. Такое бывает. Может быть монитор с причудами, может быть кабель некачественный.
Посмотри логи иксов и менеджера входа, там есть списки режимов и разрешений.
Во втором варианте это явный баг.

Только на десктопе. Там всего 10 значокв. У меня ноутбук. Логи находятся в каталоге «var»?

некоторые ярлыки налезают друг на друга

А потом появляются ярлычки. Такие вот дела, да...

Тогда смотри логи иксов и менеджера входа. У меня на ноуте например иксы иногда находят второй монитор (есть выход на внешний) и выставляют для менеджера неверное разрешение. После входа разрешение меняется на родное для матрицы.

Вопрос не по теме

Вопрос не по теме. Только не бейте. У меня иногда(через раз) начинает сильно грузиться только одно ядро(остальные работают, только на 5 процентов), и интерфейст начинает тормозить. Вопрос: можно ли это исправить без переустановки ос?

Проблема в этом?

[ 1289.959] (II) NVIDIA(0): NVIDIA GPU GeForce GT 645M (GK107) at PCI:1:0:0 (GPU-0) [ 1289.959] (--) NVIDIA(0): Memory: 2097152 kBytes [ 1289.959] (--) NVIDIA(0): VideoBIOS: 80.07.44.00.20 [ 1289.959] (II) NVIDIA(0): Detected PCI Express Link width: 16X [ 1289.959] (II) NVIDIA(0): Validated MetaModes: [ 1289.959] (II) NVIDIA(0): «NULL» [ 1289.959] (II) NVIDIA(0): Virtual screen size determined to be 640 x 480 [ 1289.959] (WW) NVIDIA(0): Unable to get display device for DPI computation. [ 1289.959] (==) NVIDIA(0): DPI set to (75, 75); computed from built-in default [ 1289.959] (==) modeset(G0): Depth 24, (==) framebuffer bpp 32 [ 1289.959] (**) modeset(G0): Option «AccelMethod» «None» [ 1289.959] (==) modeset(G0): RGB weight 888 [ 1289.959] (==) modeset(G0): Default visual is TrueColor [ 1289.959] (**) modeset(G0): glamor disabled

www.linux.org.ru/help/lorcode.md
Там на самом деле много проблем.

Virtual screen size determined to be 640 x 480

Наверное решится прописыванием в xorg.conf сразу правильного разрешения

Unable to get display device for DPI computation

Не определяется правильно dpi. Соответственно будут проблемы со шрифтами и масштабированием иконок.
Правильный dpi тоже можно в xorg.conf прописать.
Драйвер какой? nouweau, или закрытый nvidia? По логам похоже на закрытый, но у меня уже несколько лет на ноутах только интел и я логов от нвидиа эти годы не видел.

У меня иногда(через раз) начинает сильно грузиться только одно ядро(остальные работают, только на 5 процентов), и интерфейст начинает тормозить. Вопрос: можно ли это исправить без переустановки ос?

Посмотри какой процесс у тебя выедает ядро, тогда можно будет что-то сказать определённое.

логи я вставил в спойлер, но что-то не получилось. Драйвера закрытые, prime, ну или как называется(работает только 1 видеокарта). 3-е ядро

После перезагрузки всё устаканилось

какой процесс не знаю, но тормозит всё, даже окна, прокрутка текстового файла, перемещение по рабочим местам

Спойлер работает только в новостях.
Здесь лучше заворачивать в или хотя бы выбирать что-то другое а не тех-параграфы.

Как увидеть, какой процесс какое ядро использует?

После перезагрузки всё устаканилось

Бывают плавающие баги, то проявляется, то не проявляется.
С ними бороться очень трудно, поскольку у кого-то они проявляются, а у кого-то нет.
Попробуй всё-таки сформировать xorg.cong с правильными параметрами. Думаю, это поможет.

В консоли запусти top, или htop, если установлен. Бывают ещё графические, но я сейчас не помню как называются.

Так он же динамический, из-за nvidia. Когда я пытался создать конфиг в xorg.conf.d->xorg.conf то не стартовали x-server

Зависит от драйвера. Закрытый драйвер вполне уживается и со статическим файлом конфигурации.

после перезагрузки он сбрасывается