Собственно общий принцип понятен: когда нажимается cut или copy, то в clipboard помещается путевое имя файла (файлов), когда нажимается past, то из clipboard это имя читается, далее собственно выполняется операция с файлом.
Однако, не понятно, какие используются типы атомов. Залез на freedesktop.org. Всегда хотелось плеваться, глядя на этот сайт. Фиг там что найдешь. Чуда не случилось и сейчас. По данному вопросу там молчок.
Попользовался всякими X-ми утилитами. Вроде как для копирования файлов используется атом x-special/gnome-copyed-files. В буфер судя по всему помещается uri файла (тут тоже вопрос: как туда пишется utf8, например). Но по меньшей мере, есть над чем поработать для первого времени.
Но вот вопрос: как отличается copy от cut? Кроме x-special/gnome-copyed-files других атомов не обнаружил.