stream_set_timeout() не предлагать, ибо он только на сокеты, ага

Мб в php есть нечто вроде флага O_NONBLOCK для open?

нету =_=
был dio_open() с флагами, но его, емнип, выпилили.

На ум приходит только заведение счетчика и выход из цикла при его переполнении.

Что-то вроде такого

$fp = fopen('/dev/ttyUSB0', 'r+');

fwrite($fp, $req);

define("MAX_ITERATIONS",100500);

$counter = 0;
while($char != ',' && $counter<MAX_ITERATIONS){
 $counter++;
 $char = fgetc($fp);
 $data = "$data$char";
}

Можно попробовать заюзать:

http://php.net/manual/en/function.pcntl-signal.php + SIGALRM, но сам это не пробовал, и не могу сказать насколько оно рабочее.

со счётчиком вариант не прокатил, всё равно эта херня виснет.

Ну имхо можно с величиной MAX_ITERATIONS поиграться. Стопицот - это так, для примера.

дык я единицу поставил

SIGALRM

Общепринятый метод для организации таймаутов.

http://www.php.net/manual/en/function.pcntl-alarm.php Там даже пример есть

Но не в php. Судя по всему fread() не прерывается сигналом. Тогда остаётся перевести чтение в неблокирующий режим с помощью stream_set_blocking($fp, 0) и развлекаться.