qmake, несколько целей в одном файле

Такое невозможно. Можно только подпроекты сделать (т.е. на базе темплейта subdirs).

Т. е., мне нужно создать 2 каталога, раскидать туда файлы и этим subdirs-ом сказать "создавай Makefile в каждом из этих каталогов"?

>>Т. е., мне нужно создать 2 каталога, раскидать туда файлы и этим subdirs-ом сказать "создавай Makefile в каждом из этих каталогов"?

так точно.

в корневом .pro:

TEMPLATE = subdirs
SUBDIRS = dir1 dir2

В подкаталогах dir1 и dir2 делаешь обычные проекты с обычными .pro файлами, потом

# qmake -recursive
# make

Ага, пасибо большое всем. Щас сделаю.

Кстати, вдогонку: а все системы автогенерации Makefile работают по такому сценарию?

нет, с automake в Makefile.am можно указывать несколько целей. Типа

pkglib_LTLIBRARIES = libmy1.la libmy2.la