История изменений

Добавлю что кроме конфига где то в ~ (ищи где, вариантов собсно всего два, в недрах ~/.config/ или ~/.local/, если автор софтины не извращенец) для автозапуска вместе с юзерской сессией оно скорее всего создаёт файл ~/.config/autostart/имя_проги.desktop. Конфига впрочем может и вообще не быть, если там всего две галки, как ты говоришь. Просто первой галкой генерится .desktop в autostart, а второй галкой в него же, в строку где собственно запускается бинарь, добавляется какой то ключ, заставляющий софтину запускаться свёрнутой.

Так что Kolins прав, или генерируй эти файлы скриптом, или создай шаблон в /etc/skel, чтобы они при создании нового юзера автоматом в его хомяк копировались.

Добавлю что кроме конфига где то в ~ (ищи где, вариантов собсно всего два, в недрах ~/.config/ или ~/.local/, если автор софтины не извращенец) для автозапуска вместе с юзерской сессией оно скорее всего создаёт файл ~/.config/autostart/имя_проги.desktop.

Так что Kolins прав, или генерируй эти файлы скриптом, или создай шаблон в /etc/skel, чтобы они при создании нового юзера автоматом в его хомяк копировались.