По поводу скорости они более-менее одинаковые.
Сильные преимущества Java:
- Стандартная библиотека с огромным количеством всего что может понадобиться для разработки.
- Батареек на каждый чих в репозитории больше чем у .NET
- Нормальная кросс-платформенность из коробки, а не убогая MS-style «кросс-платформенность», когда, например, GUI только под Windows.
- Высокий уровень з/п, наверное самый высокий из тех языков которые распространнены.
- Куча enterprise-ready фреймворков, тот же Spring.
Сильные преимущества C#:
- Развитие. В отличие от стагнирующей Java, развиваемой по капле в год, C# развивается активно и очень хорошо заправлен различным синтаксическим сахаром от чего программировать на нём после Java очень приятно. Для Java эту проблему решает Kotlin, но решает он её не очень.