нашел блин, после переключения с apache2 на nginx в панели оно создало свой конфиг для этого www-домена, изменил я его и вот что теперь вижу в nginx -t:
nginx: [warn] conflicting server name "w.site.services" on 0.0.0.0:5000, ignored
nginx: the configuration file /etc/nginx/nginx.conf syntax is ok
nginx: configuration file /etc/nginx/nginx.conf test is successful
до этого просто апач все портил, теперь панель со своими конфигами, с этим ок, теперь не ок все равно с тем что по поддомену 404 ошибка, хотя конфиг туда я впилил свой
Ищи, теперь где-то «return 404» Nginx отдает. Основная проблема ясна, нужно конфиги в порядок привести. Можно тем же поиском в консоли по всем пробежаться.