В каком define определен тип OS после configure?

Строго свои собственные. Типа "HAVE_LINUX", которое и установит в 1 по результатам `uname` configure. А уже внутри ifdef'ов по этой теме - подключать системно специфичные инклюдосы.

Примерно так:

В configure.ac:

AC_CANONICAL_HOST

case "$host_os" in
  linux*)
    AC_DEFINE(HAVE_LINUX, 1)
    ;;
  freebsd*)
    AC_DEFINE(HAVE_FREEBSD, 1)
    ;;
  solaris*)    ;;
  hpux9* | hpux10* | hpux11*)    ;;
esac

В С-программе:
#ifdef HAVE_LINUX 
...
#ifdef HAVE_FREEBSD
...