История изменений

Если МИТ-образное позволяет вешать лицензию на отдельные файлы

Да хоть на отдельные строки. Ваш труд — можете делать, что хотите.

Но написано большинство свободных лицензий с расчетом на то, что элементарной единицей является именно файл, и в каждом из них будет copyright notice.

Но как раз те, кто пользуются небрежными пермиссивками (лицензии МТИ, лицензии BSD) часто себя и этим не утруждают, а указывают лишь один раз — в сопроводительной документации (типа README).

то GPL сразу мажет весь проект?
Это что, мне придется выделять утилиты в отдельный проект?

Смею предположить, что ваши мечты и проекты едва кому не интересны, интересны программы. Не заморачивайтесь. ;-)

Рекомендуемая изменяемая часть у лицензий ГНУ, как несложно заметить, тоже пофайловая:

    This file is part of Foobar.

    Foobar is free software: you can redistribute it and/or modify
    it under the terms of the GNU General Public License as published by
    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
    (at your option) any later version.

    Foobar is distributed in the hope that it will be useful,
    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
    GNU General Public License for more details.

    You should have received a copy of the GNU General Public License
    along with Foobar.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.

И поскльку обычно те, кто пользуются лицензиями ГНУ, — они подходят к делу обстоятельно, то у них как раз ни один файл не пропущен (широко известное исключение — это Линукс, там бардак).

Если МИТ-образное позволяет вешать лицензию на отдельные файлы

Да хоть на отдельные строки. Ваш труд — можете делать, что хотите.

Но написано большинство свободных лицензий с расчетом на то, что элементарной единицей является именно файл, и в каждом из них будет copyright notice. Но как раз те, кто пользуются небрежными перевивками (лицензии МТИ, лицензии BSD) часто себя и этим не утруждают, а указывают лишь один раз — в сопроводительной документации (типа README).

то GPL сразу мажет весь проект?
Это что, мне придется выделять утилиты в отдельный проект?

Смею предположить, что ваши мечты и проекты едва кому не интересны, интересны программы. Не заморачивайтесь. ;-)

Рекомендуемая изменяемая часть у лицензий ГНУ, как несложно заметить, тоже пофайловая:

    This file is part of Foobar.

    Foobar is free software: you can redistribute it and/or modify
    it under the terms of the GNU General Public License as published by
    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
    (at your option) any later version.

    Foobar is distributed in the hope that it will be useful,
    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
    GNU General Public License for more details.

    You should have received a copy of the GNU General Public License
    along with Foobar.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.

И поскльку обычно те, кто пользуются лицензиями ГНУ, — они подходят к делу обстоятельно, то у них как раз ни один файл не пропущен (широко известное исключение — это Линукс, там бардак).