История изменений
Исправление AndreyKl, (текущая версия) :
TC, 
MrClon, aureliano15, а как вам вариант
TABLE entity (id, filename, tag_1_id, tag_2_id, tag_3_id..)
SELECT FROM entity WHERE (tag_1_id = 1 OR tag_2_id = 1 OR...) AND ... AND (tag_1_id = 10 OR tag_2_id = 10 OR...)
понятно что ограниченное число тегов, но зато быстро, удобно и довольно компактно даже для 10 тегов на запись (а десяти тегов вероятно хватит даже самым требовательным).
Исходная версия AndreyKl, :
TC, MrClon, aureliano15, а как вам вариант
TABLE entity (id, filename, tag_1_id, tag_2_id, tag_3_id..)
SELECT FROM entity WHERE (tag_1_id = 1 OR tag_2_id = 1 OR...) AND ... AND (tag_1_id = 10 OR tag_2_id = 10 OR...)
понятно что ограниченное число тегов, но зато быстро, удобно и довольно компактно даже для 10 тегов.