Если это скрипт, то его должен будет прочитать интерпретатор (например bash). Так что нельзя. Если это бинарник - пожалуйста, делай chmod -rw, chmod +x
Что значит «запускать документ»? Если нужно запускать скрипты, но так, чтобы нельзя было увидеть их содержимое, можно использовать известный приём: сделать вызывающую скрипты бинарную обёртку с suid, а сами скрипты спрятать где-нибудь в укромном местечке.