По каким-то странным причинам urxvt, в gentoo это rxvt-unicode, по-разному отображает шрифты. Если вызвать его просто командой urxvt, а затем уже в нём открыть нужное приложение, то всё ок. Но если запустить с параметрами, например, urxvt -bg '#F5F5F5' -name 'ncmpcpp' -e ncmpcpp, то получается шг.
Смотрите скрин: https://www.dropbox.com/s/quioyi79rn4a5w9/urxvt.png
Use-флаги такие: 256-color truetype font-styles xft focused-urgency mousewheel perl wcwidth -unicode3 -vanilla