Решения находил разные:
1. Запускать ЕВОЛ в оффлайн режиме.
2. Удалять evo summary и подобные
3. Перемещать сообщения в другую папку, исходную удалять, а новосозданную переименовывать.
4. Чисткой TrasBox
Никто не знает в следующих версиях (после 2.16) это решилось? Или может есть какой-то патч а не WORKAROUNG solution.