Насколько я понимаю, вся проблема в том, что у root window не выставлены Xcms свойства... но это должен делать vnc сервер...
Если кто-то встречался с такой проблемой --- большая просьба помочь =) Да, если это важно, основным xserver-ом стоит xorg 7.
VNC и colormap-ы
Проблема в следующем при доступе через vnc, некоторые программы (такие как aterm и некоторые tk приложения) не могут сделать XParseColor. Использую tightvnc (но пробовал и другие) и tight vncviewer для венды.