Было такое... Я вылечил это увеличением размера свопа и числа катологов второго уровня в нем. Хотя, мне мой провайдер сказал, что нужно чаще делать $squid -k rotate, якобы при этом удаляются старые объекты из кэша. Я же, до этого, rotate делал раз в месяц.