можно ли подменить pl на jsp средствами апача?

mod_rewrite

С каких пор ".буквы$" что-то значат в имени файла?
Напиши что файлы .jsp (которые на самом деле перловые скрипты) обрабатываются mod_perl.

Если же на диске лежат *.pl, я в УРЛ указан *.jsp, то смотри предыдущий ответ с mod_rewrite.

только настоящие смельчаки не боятся проблем и геморройных последствий.
так что делаем так :
1. в контейнер сервлетов пихаем джавушную либу по обработке перловых скриптов или на худой конец, реализуем jni, которая делает сишный вызов, который вызывает перловый шелл
2. после этого в нужной jsp делаем обработку перлового кода

чем хорош этот подход - вскоре после получения оплаты за сделаную работу вам предложат оплату за багфиксы )))) контрактец бедт ))))

Если я правильно понял, то вполне достаточно будет сделать ссылку на перловый скрипт. То есть ln -s script.pl script.jsp