Где меняеться менеджер входа в систему

Для rh-7.3 /etc/X11/prefdm, думаю, что и в 9-ке также.

Если можно, поточнее, что нужно поменять?

Проще всего так: найди в /etc/inittab запись
x:5:respawn:/etc/X11/prefdm -nodaemon
аккуратненько её закомментируй и напиши, к примеру
x:5:respawn:/usr/X11R6/bin/xdm -nodaemon
Вместо /usr/X11R6/bin/xdm можно проставить нужный тебе менеджер с полным путём к нему. Понятно, что менеджер, который ты пропишешь, уже должен стоять в системе.