У юзеров неработает ftp,pop3,smtp. Стоит Squid???

Squid - это HTTP прокси.

FTP можно поднять через http, но остальное толбко через маскарадинг или nat

Кстати, Internet Explorer (любой версии) не любит ходить по фтпям через прокси. Ошибаюсь? Я, по крайней мере, ни одного не видел.