История изменений

Размеры пакетов их коли-во - все совпадает

А контрольные суммы? Если идёт повтор одинаковых пакетов, так можно их сдампить и побайтно сравнить. И начинать ковырять, что идёт в одну строну, идёт ли в обратную сторону подтверждение. Тогда будет понятно, признаёт ли принимающая сторона переданые её пакеты.

Нашел совет по увеличению размера буфера

Я бы на время отладки отключил бы и tcp window scaling и sack (если они согласуются), а с помощью iptables окно бы установил поменьше. Тогда, ИМХО, будет проще трафик анализировать. Дампить с записью в файл, потом уже эти файлы читать/сравнивать. Ну и не ssh/scp, а вобще nc, создать файл и отправлять. Файл можно с каким-то хорошо отличимым в даме содержимым содержимым.

То, что, допустим, внезапно, канал стал медленный, сработал тайм-аут и tcp-стек сделал повторную передачу, не удаляет пакеты, подтверждающие получение. Они будут отправлены, приняты, обработаны. То есть, повторные передачи могут быть, но не бесконечно одно и то же.

Размеры пакетов их коли-во - все совпадает

А контрольные суммы? Если идёт повтор одинаковых пакетов, так можно их сдампить и побайтно сравнить. И начинать ковырять, что идёт в одну строну, идёт ли в обратную сторону подтверждение. Тогда будет понятно, признаёт ли принимающая сторона переданые её пакеты.

Нашел совет по увеличению размера буфера

Я бы на время отладки отключил бы и tcp window scaling и sack (если они согласуются), а с помощью iptables окно бы установил поменьше. Тогда, ИМХО, будет проще трафик анализировать. Дампить с записью в файл, потом уже эти файлы читать/сравнивать. Ну и не ssh/scp, а вобще nc, создать файл и отправлять. Файл можно с каким-то хорошо отличимым в даме содержимым содержимым.