История изменений
Исправление ivanov17, (текущая версия) :
Удивительно, конечно: никто не подсказал топикстартеру, что запущенный таким образом python ничего знать не знает о своём виртуальном окружении и что в каком-то окружении надо искать какие-то библиотеки.
У тебя в bin/activate есть переменные окружения. Загляни туда.
UPD: Был неправ, 
cobold вспомнил. Только ради переменной окружения наворачивать слои и вызывать activate из шелл-скрипта не стоит, есть же Environment=.
Исходная версия ivanov17, :
Удивительно, конечно: никто не подсказал топикстартеру, что запущенный таким образом python ничего знать не знает о своём виртуальном окружении и что в каком-то окружении надо искать какие-то библиотеки.
У тебя в bin/activate есть переменные окружения. Загляни туда.