Как узнать, какие запросы сильно грузят MySQL?

В цикле и впемя замерять.

Ты не понял. Есть сайт, нужно узнать, какие именно запросы больше всего грузят. Потому что сейчас у машины с базой loadavg временами доходит до нескольких десятков.

man mysqld
/log-slow-queries

А можно вместе с временем выполнения?

А, все, включил -l и все стало видно.