Насколько мне известно, Blackdown это и есть Sun JDK, портированный для Linux. Работает нормально, хотя от IBM я не пробовал, то есть сравнивать не с чем. Но мне кажется нет проблем иметь обе в разных каталогах и менять путь к JVM в зависимости от того,какую использовать в данных момент.
Мне кажется больше проблем будет при выборе и настройке движка JSP
