Если используется bdb, то, наверное, поможет вот
такой финт (только slapd необходимо выключить перед этим)
db_recover -v -h /var/openldap-data
slapindex -v
Да... И лучше, периодически (или перед самой перезагрузкой ) бэкапить
всю базу данных ldap. Это не так уж и сложно.