Совет от знающих C, Perl, PHP!!!

Интересно насчет базы в 132 000 записей, которая грузит проц на 82 процента в течении 4 часов ... :)))
Выборку то вы делаете selectами и updatами всякими не так ли ?
C с заморачиваться не стоит, какая разница на чем вы посылаете запросы к Бд .. Так что оставьте вариант на Перле и пусть у вас эти 4 часа ночью все это и делается ... Можно еще попробовать загнать эти данные в файл и пропарсить все это дело всякими grep, awk и прочими штуками - по идее может быстрее получиться ...

структуру базы и sql запросы в студию

может индексы добавить или взять Mysql собранный интелловским компилятором, получите прирост производительности.

и зачем тут апач?? сам же говришь что это только матобработка данных.

и перл не может так сливать php у вас где-то ошибка.

132 000 - ерунда для SQL
Скорей всего жуткие проблены с принятыми архитектурными решениями и реализациями. Типа 3-х уровневый цикл внутри которго SQL-запрос.
На заре моей программиской юности я написал задачу подсчета подоходного налога (FoxPro) у 1500 работников. После 4 часов (!) ожидания завершения расчета я перегрузил компьютер. Устал ждать. Через неделю я уже смог расчитать ВСЮ зарвплату за 1 час. Со временем тоже самое на том же железе делалось за пол часа.
Учитись, читайте.

Структуру базы и задачу в студию.
Я уверен что удастся уменьшить время обработки на пару порядков.
Кстати, а на каком железе оно у вас крутится? :)