История изменений

И что мешает такой системе держать каталог рута в /home/root?

Многое мешает. пользователи могут забить /home и тогда у рута могут быть проблемы с логином. /home может быть смонтирован ro для всякого странного. Ну и - root, как пользователь авторизации, не нужен, какая разница, где его «домашняя» папка? Вообще /home это папка реальных пользователей, системные пользователи могут иметь разные «хомяки» и /root далеко не самый странный. Вот хомяки срандартной машины

vitus@vitus-home:/tmp$ getent passwd | cut -d: -f6
/root
/usr/sbin
/bin
/dev
/bin
/usr/games
/var/cache/man
/var/spool/lpd
/var/mail
/var/spool/news
/var/spool/uucp
/bin
/var/www
/var/backups
/var/list
/run/ircd
/var/lib/gnats
/nonexistent
/nonexistent
/run/systemd
/run/systemd
/run/systemd
/nonexistent
/var/lib/usbmux
/proc
/run/sshd
/run/avahi-daemon
/run/pulse
/var/lib/saned
/var/lib/colord
/var/lib/lightdm
/home/vitus
/
/run/uuidd
/var/lib/openvpn/chroot
/var/run/nvpd/
/home/nata
/var/lib/tpm
/var/spool/exim4
/var/lib/geoclue
/var/lib/postgresql
/run/systemd
/nonexistent
/var/lib/yggdrasil
/nonexistent
/nonexistent

И что мешает такой системе держать каталог рута в /home/root?

Многое мешает. пользователи могут забить /home и тогда у рута могут быть проблемы с логином. /home может быть смонтирован ro для всякого странного. Ну и - root, как пользователь авторизации, не нужен, какая разница, где его «домашняя» папка?