История изменений

Я бы через avidemux посмотрел ключевые кадры. Может они в приемлимых местах стоят, особенно если вырезать надо целыми сценами. Тогда и copy можно обойтись. Иначе последним проходом разметить главами в mkv, скрывая лишнее. Или придется терять время/качество с перекодировкой. Часть машинного времени можно сэкономить перекодировав только хвосты, но надо больше резать и склеенное разнородное может глючить.

Если резать точно по отметкам времени, то наверняка можно напороться на то, что не только кадры в начале ссылаются на более ранний, но и кадры в конце ссылаются на более поздних. Поэтому эти кадры бьются. И демуксер необходимые кадры не отбрасывает, из-за чего обрезывается округленно.

Я бы через avidemux посмотрел ключевые кадры. Может они в приемлимых местах стоят, особенно если вырезать надо целыми сценами. Тогда и copy можно обойтись. Иначе последним проходом разметить главами в mkv, скрывая лишнее. Или придется терять время/качество с перекодировкой. Часть машинного времени можно сэкономить перекодировав только хвосты, но надо больше резать и склеенное разнородное может глючить.