Исправление daemonpnz, 07.06.13 13:23 (текущая версия) :
Давай сюда флаги sci-libs/hdf5 и media-libs/vigra. Если проблема точно такая же как у меня была, то может помочь следующая запись в package.use
sci-libs/hdf5 -cxx threads
Исходная версия daemonpnz, 07.06.13 13:21:
Давай сюда флаги sci-libs/hdf5 и media-libs/vigra