Исправление Gotf, 10.12.14 20:21 (текущая версия) :
Через xmodmap явно назначал клавише Win (код 115) событие Meta_L.
А в Mod1 добавил?
Короче, сделай setxkbmap -option altwin:meta_win, и всё.
setxkbmap -option altwin:meta_win
Исходная версия Gotf, 10.12.14 20:20: