Как работают флаги для терминальных утилит?

Смотришь, что за флаг, и выполняешь соответствующие инструкции.

Что у них там в коде творится?

#include <unistd.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
int main(int argc, char *argv[])
{
    int flags, opt;
    int nsecs, tfnd;
    nsecs = 0;
    tfnd = 0;
    flags = 0;
    while ((opt = getopt(argc, argv, "nt:")) != -1) {
        switch (opt) {
        case 'n':
            flags = 1;
            break;
        case 't':
            nsecs = atoi(optarg);
            tfnd = 1;
            break;
        default: /* '?' */
            fprintf(stderr, "Использование: %s [-t nsecs] [-n] имя\n",
                    argv[0]);
            exit(EXIT_FAILURE);
        }
    }
    printf("flags=%d; tfnd=%d; nsecs=%d; optind=%d\n",
            flags, tfnd, nsecs, optind);
    if (optind >= argc) {
        fprintf(stderr, "После параметра требуется значение\n");
        exit(EXIT_FAILURE);
    }
    printf("параметр = %s\n", argv[optind]);
    /* остальной код не показан */
    exit(EXIT_SUCCESS);
}

У кого «у них»? В процесс приходит массив аргументов от шелла (например, ["/bin/ls", "-lLaS", "--color=auto", "-R"]). Дальше он парсится парсером аргументов коих сотни разных - от стандартных сишных getopt(3), getopt_long(3) до питоньего argparse. Кто-то пишет свой парсер.

Задают различное поведение для приложения. Ничего сакрального. Все обычное.

Ни чего не творится. Смотри coreutils.

за такое 4.2 дают. видимо что то знают

Ну да, это же тайна ;-)

Ага, спасибо за getopt()!

getopt никогда не было «стандартным сишным». Это часть util-linux.

Он вполне себе направил, куда смотреть. Ты написал тупо «Ничего не творится», что есть 4.2: в коде есть обработка этих самых флагов. Так что да, это либо 4.2, либо флуд.

Разберись что со «*» происходит в шелле, и что именно передается аргументами в программу :)

getopt никогда не было «стандартным сишным». Это часть util-linux.

Какой нахрен util-linux? Я ясно написал getopt(3) (не getopt(1)), это POSIX.