Linux super-cluster для ядерных исследований

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Ну и нахрен он им сдался? На одном электричестве разорятся. А потом удивляются почему в америке перебои в электроснабжении. Посмотрите на наши супер кластеры на линуксе (МГУ, МФТИ) - все как один простаивают, потому как этож надо уметь программировать для кластеров, а народ расслабленный фортраном этого нифига не умеет. Купили бы большую машину (на 100% уверен, что на реальных задачах Sun12k уделает этот кластер) и не мучались.

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

...впечатляет!

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

> на 100% уверен, что на реальных задачах Sun12k уделает этот кластер

Если постановка задачи позволяет хорошо распараллелить, то не уделает, а очень даже наоборот... при всех достоинствах архитектуры Sun.

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

ПИДАРАСЫ! лучше бы кластер для пмедицины использовали

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Проблема не только в задаче. Проблема в программистах, которые будут эти задачи пытаться решать. Задача может и хорошо параллелится, но вот программисты не всегда могут/хотят это реализовать. Ведь простой ученый в большинстве своем абсолютный веник в программировании, то есть он конечно знает, что такое разностная схема, может даже умеет метод крупных частиц (если говорить о газодинамике, которая отлично параллелится). Но он не имеет ни малейшего понятия КАК ЭТО СДЕЛАТЬ на кластере. Поэтому типичная ситуация - есть у лаборатории задачка, которая чего-то считает. Работает на навороченной персоналке допустим сутки. Переносят ее на кластер - а выигрыша нет, так сутки и работает. :)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Хм... Интересно, а на чем этот зверь у них работать будет... В смысле, какая система кластеризации будет использована? Beowulf, MPI, MPICH или что-то другое?

R00T (17.09.2003 14:47:37)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>Посмотрите на наши супер кластеры на линуксе (МГУ, МФТИ) - все как один простаивают, потому как этож надо уметь программировать
>для кластеров, а народ расслабленный фортраном этого нифига не умеет

Вы ИХ с НАМИ не путайте - они это умеют давно и неплохо


>на 100% уверен, что на реальных задачах Sun12k уделает этот кластер

Откуда такая уверенность ? Я вон вчера пил пиво с мужиком из Кембриджу - так у них как раз ситуация прямо противоположная - уходят они с санок

Несмотря на то что сановское железо гораздо более надежное
чем современные писюки их цена не оправдывает то что они могут
- и это несмотря на МОРЕ косяков при переносе софта с одной платформы на другую и кучу претензий к качеству линуховых дистрибутивов

sS (17.09.2003 14:49:05)

Вышел Squid 2.5-Stable4

В первую очередь надо знать ядерную физику и квантовую механику :)

"народ расслабленный фортраном" - это понимает

Sun-ch (17.09.2003 14:49:53)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

ядро и кванты - игрушки по сравнению с медициной.

vilfred (17.09.2003 14:52:33)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2ROOT
>В смысле, какая система кластеризации будет использована?
>Beowulf,
Это идеология а не система кластеризации :)
> MPI
Это спецификация ;)
> MPICH
А это одна из ее реализаций ;)

Так что могут теоретически использовать все вышеперечисленное ;)

Там правда прозвучало слово "Utah" что лично у меня ассоциируется
с PVM ;)

Хотя обычно _эти_ конторы имеют что то свое в плане софта

sS (17.09.2003 14:54:39)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2vilfred
>ядро и кванты - игрушки по сравнению с медициной.

А как эту фигню в медицине то использовать ?
Что на ней считать ? Какую нибудь сложную химию или исчё чего ?

sS (17.09.2003 14:56:49)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

имхо, я конешно, по важности :) всмысле здоровья, а так вообще пофлудить пришел насчет слаки, надо же с чего то начинать :)

vilfred (17.09.2003 14:59:52)

Вышел Squid 2.5-Stable4

>А как эту фигню в медицине то использовать ?

3D ЯМР или ультразвуковой томограф в реальном времени

Sun-ch (17.09.2003 14:59:56)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Развитие опухулей, распространение лекарственных препаратов в организме, да мало ли чего. Пока многие вещи у нас на уровне знахарства.

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>3D ЯМР или ультразвуковой томограф в реальном времени для реального времени достаточно от 2 до 16 процессоров

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Sun-ch
>3D ЯМР или ультразвуковой томограф в реальном времени
Эту задачу давно и успешно решают скромные embedded девайсы
размером с чемодан (маленький)

sS (17.09.2003 15:04:16)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>Развитие опухулей, распространение лекарственных препаратов в организме, да мало ли чего. Пока многие вещи у нас на уровне знахарства.

Это-ж какая матмодель для этого нужна ?
Чтоб вот так вот в лоб ;)))

sS (17.09.2003 15:06:08)

Вышел Squid 2.5-Stable4

А что уже можно поглядеть как клапана в сердце работают ?

В виде объемного изображения ?

Sun-ch (17.09.2003 15:07:48)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Ну у меня знакомый как-раз занимается моделированием распространения лек. препаратов по кровеносной системе. Это конечно не полная модель, но лучше, чем ничего.

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2 sS

про чемодан совершенно согласен

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2anonymous (*) (2003-09-17 14:38:09.177157):

> ПИДАРАСЫ! лучше бы кластер для пмедицины использовали

Точнее для биологии, потому как для ядерной физики это уже нахрен
никому не надо. Всё, что получили от неё, уже используют.

Вышел Squid 2.5-Stable4

>про чемодан совершенно согласен

А состояние сосудов в мозге можно поглядеть ?

С каким прост. разрешением ? Или только камни в мочевом пузыре ?

Sun-ch (17.09.2003 15:17:19)

Вышел Squid 2.5-Stable4

Точнее для биологии, потому как для ядерной физики это уже нахрен никому не надо. Всё, что получили от неё, уже используют.

Дык вроде как собираются изучать процесс старения ядерных боеприпасов ?

Раньше подрывали заряды, а сейчас низя

Sun-ch (17.09.2003 15:19:59)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2Sun-ch (*) (2003-09-17 15:19:59.495049):

> Дык вроде как собираются изучать процесс старения ядерных
> боеприпасов ? Раньше подрывали заряды, а сейчас низя

Да тут хоть заизучайся. Без экспериментов всё равно толку будет мало.

Re: Вышел Squid 2.5-Stable4

>про чемодан совершенно согласен

А состояние сосудов в мозге можно поглядеть ?

С каким прост. разрешением ? Или только камни в мочевом пузыре ?

--------------

можно посмотреть. разрешение от счета мало зависит.

касательно _такого_ кластера. с такими мощностями эффективно применять только в расчете различных спектров биомолекул, да решения оптимизационных задач. И это больше химия а не медицина.

для всей остальной медицины (при имеющихся моделях) хватает "навороченного писюка".

Петров Сергей

ответ

"Точнее для биологии, потому как для ядерной физики это уже нахрен никому не надо. Всё, что получили от неё, уже используют."

anonymous (*) (2003-09-17 15:16:10.563126)"

мда, товарисчи. это вы погорячились. Если вы можете промоделировать все все в ядерной физике, то пожалуйста напишите об этом в наш институт, г. Новосибирск, пр Академика Лавреньтева 11, Институт Ядерной Физики СО РАН, ученому секретарю Кудрявцеву А.М.

А то мы наверное тут уже зря страдаем. Ведь все уже досконально известно и может быть промоделировано с абсолютной точностью на калькуляторе любым анонимусом.

Пора нас всех через дорогу перегонять в институт Цитологии и Генетики в качестве подопытных кроликов.

petrosha (17.09.2003 15:50:57)

Re: Вышел Squid 2.5-Stable4

> Дык вроде как собираются изучать процесс старения ядерных боеприпасов ?

> Раньше подрывали заряды, а сейчас низя

Если бы. Американцы собираются возобновить испытания.

lukin (17.09.2003 15:53:05)

Вышел Squid 2.5-Stable4

мда, товарисчи. это вы погорячились. Если вы можете промоделировать все все в ядерной физике, то пожалуйста напишите об этом в наш институт, г. Новосибирск, пр Академика Лавреньтева 11, Институт Ядерной Физики СО РАН, ученому секретарю Кудрявцеву А.М.

А че в Новосибирск ? Сразу в нобелевский комитет :)

Sun-ch (17.09.2003 15:57:52)

ответ

"А че в Новосибирск ? Сразу в нобелевский комитет :)

Sun-ch (*) (2003-09-17 15:57:52.088164)"

Санч на нобелевский коммитет мне пофиг:) а поглядеть на то из-за чего мне пора идти искать новую работу я бы очень хотел:) и имхо не только я

petrosha (17.09.2003 16:01:22)

Вышел Squid 2.5-Stable4

Санч на нобелевский коммитет мне пофиг:)

А че нобеля по ядерной физике не хочешь разве получить?

Я так понимаю, что в ядерной физике сейчас одни энтузиасты остались ?

Сколько у вас зав. отделом, проф., дфмн получает ?

Sun-ch (17.09.2003 16:06:05)

Re: Скриптовые языки

ОНИ программировать умеют, в отличии от наших, утомлённых фортраном или сями поплюснутыми...

Ну а про сантехнику для ЧИСЛОДРОБИЛЬНИ - я давно так не смеялся. Ажно даже тапочками подавился...

Antichrist (17.09.2003 16:06:42)

Re: Скриптовые языки

Фигня. Медицина то вся всё равно - одна сплошная квантовая химия... Зато таки да - параллелится просто замечательно. Ну под это дело и так кластеров хватает...

Antichrist (17.09.2003 16:09:09)

Re: Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>Ведь простой ученый в большинстве своем абсолютный веник в программировании, то есть он конечно знает, что такое разностная схема, может даже умеет метод крупных частиц (если говорить о газодинамике, которая отлично параллелится).

Ну да, ну да. Явно неявной схемой, которая мажет по направлению своей явности (да и неявности тоже). Или у тебя декомпозиция не по рассчётной области идёт?

ответ

"Сколько у вас зав. отделом, проф., дфмн получает ?

Sun-ch (*) (2003-09-17 16:06:05.98494)"

знаешь этого никто кроме них самих не знает. Но по ощущениям в бедных лабах я думаю не меньше 15круб. а в богатых... гораздо больше

petrosha (17.09.2003 16:22:52)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

счетную программу можно так написать, что никакого кластера не хватит :)

grustnoe (17.09.2003 16:24:56)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Доброго времени суток.
И бы не отказался такой кластер погонять. Задачу международного томографического центра не удалось решить... Мощностей не хватило.
Новосибирский ин-тут органической химии им.Н.Н.Ворожцова СО РАН.
Группа квантовой химии.
Best respect,$echo from Siberis.
2petrosha - Напишите мне vitja@quant.nioch.nsc.ru - есть у нас тут кластер... проставивает ... Подробности в ответе.

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

извините за ошибки ... устал ... да и осень, чтоб ее...
Да и еще - 2Antichrist (*) (2003-09-17 16:09:09.714776)
а что Вы знаете про квантовую химию ? или уже зима и позволительна пурга ?
Приятного вечера -) 2All

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2 anonymous (*) (2003-09-17 14:26:15.770545) >Посмотрите на наши супер кластеры на линуксе (МГУ, МФТИ) - все как один простаивают Откуда интересно информация, что они простаивают? Во-вторых кластеры довольно средние по производительности и более менее серьезные задачи уже не тянут. К сожалению ни в МГУ, ни в МИФИ нет кластерной системы, которая входила бы в top500. Коэффициент использования машинного времени довольно часто бывает меньше 50-60%, т.к. например у кластера 40 процессоров, а в очереди стоят задачи которым надо 22 процессора. >Купили бы большую машину (на 100% уверен, что на реальных задачах Sun12k уделает этот кластер) и не мучались.

На чем основана уверенность? Или это просто для понту, для того чтобы что-нибудь сказать? Система подобная указанной имеет стоит на 3-ем месте в top500. Первая система SUN которая встречается стоит на 211 месте. Стоимость оборудования на один узел находится около 5000-6000$, как показывает практика при такой стоимости получается сбалансированная система. Sun Fire 15K 1.05 GHz с 32 или 64 процессорами стоит от 1.5М$, c 300 процессорами не меньше 4М$, чтобы получить сравнимую с 3 местом производительность нужно купить примерно 15 машин Sun Fire 15K 1.05 GHz/300, стоимость которых будет значительно больше 60M$, нужно учесть еще затраты на оборудование для кластеризации. Итого на Sun Fire 15K получаем стоимость в 5-7 раз выше при той же производительности.

место в топ500, число процессоров, реальная и пиковая производительность в Гигафлопсах. 3 Linux Networx MCR Linux Cluster Xeon 2.4 GHz-Quadrics/2304 7634.00 11060.00

211 Sun Fire 15K 1.05 GHz/300 468.10 630.00

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>Стоимость оборудования на один узел находится около 5000-6000$,
А можно более подробно про внутренность этого узла и примерное
число узлов за такие деньги для "сбалансированной" системы ?

sS (17.09.2003 16:58:58)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2 sS (*) (2003-09-17 16:58:58.556572) немного позже отвечу в форум, сейчас надо уходить

Вышел Squid 2.5-Stable4

Задачу международного томографического центра не удалось решить... Мощностей не хватило.

Гы а вы говорите в чемодане :)

Sun-ch (17.09.2003 17:10:44)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

2Sun-ch
>Задачу международного томографического центра не удалось >решить... Мощностей не хватило.
>Гы а вы говорите в чемодане :)

А чего там была за задача ?

sS (17.09.2003 17:17:19)

Вышел Squid 2.5-Stable4

>Sun Fire 15K 1.05 GHz с 32 или 64 процессорами стоит от 1.5М$, c 300 процессорами не меньше 4М$

Сервер Sun Fire 15K поддерживает только 106 процессоров

Sun-ch (17.09.2003 17:18:49)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

ядерное - не ядерное, на самом деле неизвестно что именно будут обсчитывать в этом Los Alamos-е, старение боеприпасов, лазеры с ядерной накачкой или особенности психологии зеленых человечеков :)

NiKel (17.09.2003 17:23:01)

УРА! АНТИХРИСТ ВЕРНУЛСЯ!!!

subj:

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

Sun-ch (*) (2003-09-17 17:18:49.774118) Тем хуже для него, значит система на Sun Fire 15K с производительностью эквивалентной 3 месту в топ500 будет еще дороже. А с 211 местом кластера из Sun Fire 15K в топ500 ошиблись, в Cambridge University на самом деле стоит кластер из Sun Fire 15K/100 CPU, с суммарным числом 900 процессоров. В идеале эта система должна была бы быть на 35-37 месте. Но сколько она стоит, страшно подумать.

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>>Площадь, занимаемая системой - половина теннисного корта

Вот бы там в сквош погонять... :)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>Cambridge University на самом деле стоит кластер из Sun Fire 15K/100 CPU, с суммарным числом 900 процессоров.
>В идеале эта система должна была бы быть на 35-37 месте. Но сколько она стоит, страшно подумать.

Сёдня у мужика узнаю (если сознается ;))

sS (17.09.2003 17:44:26)

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

sS, а ты чем занимаешься? Физик, что ли?

Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

>sS, а ты чем занимаешься? Физик, что ли?
Не я не физик я это ... ероспайс инжиниринг ;)
CFD там всякие etc. bla-bla-Ыа

BTW: лихо эти ребяты с Острова считают производительность их чуда

GFLOPS: 900 x 2.4 = 2160 ;)

sS (17.09.2003 17:55:47)