LINUX.ORG.RU

Linux super-cluster для ядерных исследований


0

0

Лаборатория Los Alamos приобрела Linux cluster для проведения программы исследований по ядерному оружию.

Кластер имеет 2816 CPU и 1408 узла. Узлы соединены с использованием Mellanox's InfiniBand server interconnect technology.

Площадь, занимаемая системой - половина теннисного корта.

Производитель - Linux Networx Inc.

>>> Подробности



Проверено: green

> Угу - например посадку на Тритон

Voyager-2 летал около Тритона. Правда рассейские ура-патриоты это отрицают.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Скрыть модуль

>Voyager-2 летал около Тритона. Правда рассейские ура-патриоты это отрицают.
Не об том спич - спич про "реальный эксперимент"
как то посадка некоeго девайса в холодной метановой
атмосфере - ну метан мы положим найдем - а все остальное как ;) ?

sS ★★★★★
()

Re:sS (*) (2003-09-18 15:42:20.039757)

Кодовое слово - пару/тройку тысяч подсократят :) Пара/тройка тысяч сама кого хочешь подсократит :).

Про космос ничего не скажу - но судя по тому по какой причине навернулся спутник на Марсе (говорят там футы с метрами в уcкорении перепутали) - там те ещё орлы сидят :) А для атмосферных полётов - не надо жмотиться на аэродинамические трубы.

Про геологоразведку - это да трёхмерная картина недр, но опять же обычной разведки это не отменяет - у меня сильное подозрение, что пользы от этого не так уж и много (полезнее просто с измерителем g и газоанализаторам пройтись - хотя я сразу говорю, что не спец), но даже одна сэкономленная дырка для нефти даёт такой выигрыш по деньгам, что они могут себе позволить заниматься чем угодно.

Про метеорология: а вот здесь вообще ничего не считается - турбулентности всякие и неустойчивости, так что пока так: собираем информацию и сравниваем с тем что было. Но это не числодробильня - это нечто другое. Хотя, вероятно я ошибаюсь. Кстати ровно таким же макаром предсказываются землетрясения (на Камчатке эта служба, по крайней мере раньше была поставлена очень хорошо).

Есть ещё Earth Simulation - но похоже они там в самом зачаточном состоянии как и Lattice QCD.

С уважением Евгений

P.S. Die-Hard (*) (2003-09-18 15:50:57.153289) - так приведи примеры - просвяти необразованных

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: Re:sS (*) (2003-09-18 15:42:20.039757) от Evgueni

Скрыть модуль


>Про космос ничего не скажу - но судя по тому по какой причине навернулся спутник на Марсе (говорят там футы с метрами в уcкорении перепутали) - там те ещё орлы сидят :)
>А для атмосферных полётов - не надо жмотиться на аэродинамические трубы.

В чем бум NASP ( http://www.fas.org/irp/mystery/nasp.htm ) продувать когда у него корпус это часть двигателя ? Не говоря уже о самих ГПВРД которые либо приделывают как ПН к ракете и пущают еЯ (мы) или делают маленькую модельку (пиндосы) при этом из за того что испытания идут не в гелии а в воздухе автомодельность не катит и результаты для различных размеров могут быть различны? Про стоимость натурного эксперимента тоже лучше не вспоминать - любые испытания (в стране с нормальной экономикой) будут стоить в разы (если не на порядки) дороже моделирования - чем хороши трубы - они практически не стареют морально в отличае от компутеров - правда и содержать их дороже....

>Про метеорология: а вот здесь вообще ничего не считается - турбулентности всякие и неустойчивости

Про невозможность моделировать погоду на длительный срок это вы правы - правда там дело не в турбулентности (это отдельная песня) а фундаментальных свойствах уравнений - описывающих этот процесс - это еще Лоренц доказал НО мощные компутеры позволяют
увеличить точность ипродолжительность прогнозов


sS ★★★★★
()

Могу предложить механизм: японская научная контора в конце года обнаруживает, что у неё осталось n мего$ которые они не освоили. Шо делать: надо купить срочно нечто дорогое и более-менее нужное - cray подходит :) А где один крей, там и два.

Evgueni ★★★★★
()

> в холодной метановой атмосфере - ну метан мы положим найдем - а все остальное как

Побачiм на "Хюйгенс", как там его расчитали для посадки на Титан :)

anonymous
()

В порядке ликбеза: А как расчитывать турбулентные течения? Или там какие-то приближения. Если так, то разве нельзя решить это всё аналитически? Я не спец - просто любопытно - в двух словах.

P.S. А хорошие трубы строить не надо - они уже есть :) (например в институте гидродинамики СОРАН). Было бы что обдувать. Так что то, что у нас моделек не делают - это по военной привычке.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: Re:sS (*) (2003-09-18 15:42:20.039757) от Evgueni

Evgueni (*) (2003-09-18 17:05:13.587353):

> - так приведи примеры - просвяти необразованных

Дык - я и привел.

Сумма, сходится как обратная степень общего члена (в конкретном случае - 4). Надо вытащить пару десятков цифр, чтобы угадать асимптотику.

Die-Hard ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

Вдогон


>В порядке ликбеза: А как расчитывать турбулентные течения? Или там какие-то приближения. Если так, то разве нельзя решить это всё аналитически? Я не спец - просто любопытно - в двух словах.

Если кратко то в большинстве случаев вводят так называемую "турбулентную вязкость" которая вычисляется исходя из параметров течения (по разному в зависимости от модели турбулентности) в качестве нового значения вязкости (и теплопроводности) рассматривают сумму молекулярной и турбулентной вязкости/теплопроводности и с этими новыми вязкостями и теплопроводностями решают FNS (или RNS для частных случаев)- в большинстве случаев результаты получаются неплохие - ну есть еще
всякие другие модные методы как то прямое моделирование турбулентности

>P.S. А хорошие трубы строить не надо - они уже есть :) (например в институте гидродинамики СОРАН).
>Было бы что обдувать. Так что то, что у нас моделек не делают - это по военной привычке

А у нас поломали :(((

sS ★★★★★
()

2 sS (*) (2003-09-17 16:58:58.556572) >А можно более подробно про внутренность этого узла и примерное число узлов за такие деньги для "сбалансированной" системы ? При не очень большом числе узлов, например до 64, неплохо работает организация коммуникационной среды в виде двумерного тора. Для организации такой схемы достаточно поставить комплекты Wulfkit в каждый узел. Комплект Wulfkit с пропускной способностью 320 мегабайт в секунду стоит около 2000 долларов на узел, оставшиеся 3000-4000 долларов можно разумно потратить на двухпроцессорную плату с двумя процессорами, двумя жесткими дисками (или одним) , количеством памяти в 2 гигабайта (или больше), с самой слабой видеокартой, без внешних дисководов и в приличном 1 или 2 юнитовом корпусе. Соотношение потраченных денег на мощность процессоров, количество памяти и емкости жестких дисков зависит от специфики задач, которые будут в основном гоняться. Кстати сейчас вроде появились 1 или 2-х юнитовые 4-х процессорные Оптероны, в которые можно напихать до 12 Гигабайт памяти, мечта для тяжелой квантовой химии. Если денег больше то можно покупать другие комплекты Wulfkit в узел и организовывать трехмерный тор (сзади выглядит устрашающе). В принципе можно посмотреть информацию производителя http://www.dolphinics.com/ При большем числе узлов лучше использовать схемы через коммутатор, но при примерно такой же стоимости высокоскоростных карточек, коммутаторы будут стоить очень приличных денег. Выпускает такое добро довольно много производителей. Если денег мало, то можно делать схемы с одним или 2 гигабитными коммутаторами, но получить больше 50-60 мегабайт в секунду очень тяжело. При этом надо покупать хорошие ( и следовательно дорогие) коммутаторы, т.к. при длительных расчетах не очень хорошие коммутаторы виснут, кроме того начинка коммутатора должна обладать достаточной производительностью, чтобы разбрасывать весь траффик с учетом полнодуплексного режима. Производительность такой машины будет очень сильно будет зависеть от параллелизуемости задачи. Хотя некоторые алгоритмы квантовой химии на этих машинах бегают неплохо.

anonymous
()

Я понял, но чисто математическую задачу я и сам могу придумать сходу которая считаться столетиями будет.

Вопрос - что за физическая задача? Для чего сумма?

С уважением Евгений

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Вдогон

2anonymous (*) (2003-09-18 18:01:17.532215)
Спасибо за информацию - посмотрю что к чему :)

sS ★★★★★
()

anonymous (*) (2003-09-18 08:09:48.277311) > Задача была такая - для катион-радикала метионина расчитать константы СТВ ab initio . > Методы - теория возмущения второго порядка. Для методов теории возмущений второго порядка построенных на неограниченном по спину варианту метода Хартри-Фока существует неприятная и серьезная проблема, связанная с примешиванием состояний другой мультиплетности (spin contamination problem), поэтому если даже задача и сойдется, то константы СТВ могут оказаться неправильными. Кроме этого задача сойдется к немного другой геометрии, что тоже повлечет ошибки в расчете этих констант, они довольно сильно зависят от получаемой геометрии. Кроме того волновая функция в методах Хартри-Фока и теории возмущений второго порядка оптимальна в энергетическом смысле и ,как правило плохо описывает область в точке ядра, что приводит к большим погрешностям в определении этих констант. А для катион-радикалов сушествует большое число примеров, когда расчеты по теории возмущений просто не работают. Если и использовать для расчета констант СТВ катион-радикалов методы "тяжелой" квантовой химии, то лучше выбирать метод связаных кластеров или методы конфигурационного взаимодействия. Правда, к сожалению, этот совет не для вас, т.к. эти методы требуют гораздо больших ресурсов, чем теория возмущений.

anonymous
()

2 anonymous (*) (2003-09-18 08:09:48.277311)
> Задача была такая - для катион-радикала метионина расчитать константы СТВ ab initio . > Методы - теория возмущения второго порядка.
Для методов теории возмущений второго порядка построенных на неограниченном по спину варианту метода Хартри-Фока существует неприятная и серьезная проблема, связанная с примешиванием состояний другой мультиплетности (spin contamination problem), поэтому если даже задача и сойдется, то константы СТВ могут оказаться неправильными. Кроме этого задача сойдется к немного другой геометрии, что тоже повлечет ошибки в расчете этих констант, они довольно сильно зависят от получаемой геометрии. Кроме того волновая функция в методах Хартри-Фока и теории возмущений второго порядка оптимальна в энергетическом смысле и ,как правило плохо описывает область в точке ядра, что приводит к большим погрешностям в определении этих констант. А для катион-радикалов сушествует большое число примеров, когда расчеты по теории возмущений просто не работают.
Если и использовать для расчета констант СТВ катион-радикалов методы "тяжелой" квантовой химии, то лучше выбирать метод связаных кластеров или методы конфигурационного взаимодействия. Правда, к сожалению, этот совет не для вас, т.к. эти методы требуют гораздо больших ресурсов, чем теория возмущений.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

Evgueni (*) (2003-09-18 18:03:28.250342)

> что за физическая задача? Для чего сумма?

Так интересно?

Квантовополевые рассчеты, теория возмущений: трехпетлевая безмассовая двухточка, размерная регуляризация, непланаранарный мастер-интеграл. Требуется посчитать коэффициент при эпсилон-квадрате.

В x-представлении довольно тривиально факторизуется полиномами Гегенбауэра на угловую и радиальную части, после чего и угловой, и радиальный интеграл элементарно берутся, и остается 3-фолдная сумма с условием треугольника, приосходящая от разложения по гегенбауэрам. Известно, что результат выражается через Дзита-функции. Если иметь 100-200 цифр, коэффициенты можно восстановить с помощью алгоритма pslq. Но сумма сходится слишком медленно.

Возникает мысль - подобрать асимптотику, после чего пытаться ускорить сходимость чем-либо типа Эйлера-Маклорена. Надо уловить хотя бы ведущие степени общего члена и логарифма. Для этого надо знать 10-12 цифр.

Что и было сделано за неделю с помощью написанной за час "на коленке" параллельной MPI программы на 256 процессорах на IBM RS/6000. Четыре дня задача висела в очереди, три дня считала.

Вообще, в квантовополевых рассчетах плохо сходящиеся суммы встречаются постоянно.

Я же писАл именно про тупые задачки из повседневной жизни!

Другой пример (из жизни): надо обратить ОЧЕНЬ плохо обусловленную матрицу, скажем, 10x10. Можно неск. недель колупать ее хитрыми методами, а можно взять multiprecision fortran, задать точность в пару тысяч цифр и посчитать - за те же неск. недель, если на 3Ггц пне. Или за неск. часов - если есть кластер в сотню машинок.

Die-Hard ★★★★★
()

2Dselect (*) (2003-09-18 16:36:02.796361): Там всё проще и смешнее: попросту не работает mpif90. И все тесты, которые пытаются его использовать, ессно, обламываются. Лично мне стало даже интересно: mpif90 должен использовать нечто типа g90 для компиляции... Но компилятора g90 на сайте ftp.gnu.org нету (и, видимо, потому его нету и в Slackware)... Отседа идиотский вопрос: а откуда он взялся в Debian и в Red Hat??? :-)))

А в остальном, прекрасная маркиза, всё хорошо... :-) Всё вполне удовлетворительно работает... ;-) Да и вообще, когда ты, наконец, будет отвечать на мои ауканья в аське??? ;-)

R00T
()

CASSCF и не будет никакого смешения спинов. Им open-shell системы с успехом считают. Только не знаю, насколько он параллелится. Хорошо как раз параллелятся MPx СI методы, а вот HF и DFT вроде не очень...

anonymous
()

Да, кстати если они MP2 вытянули, то и CI можно вполне. Веть все-таки там основное ограничение вроде как на память...

anonymous
()

2anonymous (*) (2003-09-18 18:19:45.294191)
Вы не поверите но <S2>=0.76 )))
По поводу CASSCF - симметрия C1 объекта/активное про-во - его выбор ... неоднозначен/. Имеет смысл CC или CISD . Но DFT /B3LYP/ вполне. К тому же существуют базисы под расчеты констант СТВ /к Вашему сведению - EPR-II и EPR-III/.
Best respect,$echo from Siberia.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от Die-Hard

Гхммм, гхмм - а всё таки для чего считаете то? Что хотите получить? Здесь пока описание именно математической задачи.

С уважением Евгений

Evgueni ★★★★★
()

Опять накопилось. ;)

По-порядку:

1) на сайте MPICH есть некая реализация MPICH-2 v 0.9x Это я к давнему своему вопросу ;) Никто не щупал? А то руки маленько не доходят ;(

2) g90 (точнее g95) таки на gnu.org есть! http://www.gnu.org/directory/devel/compilers/g95.html

3) Если не устраивает зачаточный g95 -- скачайте intel-fortran. Для некоммерческого применения -- бесплатен (аналогично для alpha -- compaq-fortran)

Const

anonymous
()

А куда делся Antichrist? Что он использует в качестве компайлера для кластерных вычислений?

anonymous
()

> Могу предложить механизм: японская научная контора в конце года > обнаруживает, что у неё осталось n мего$ которые они не освоили. Шо > делать: надо купить срочно нечто дорогое и более-менее нужное - > cray подходит :) А где один крей, там и два.

У японцев, кстати NEC есть, а также fujitsu-siemens, так что крэи им нах не нужны

anonymous
()

тем более что суперкомпьютеры - предмет экспортных ограничений США

anonymous
()

А куда делся Antichrist? Что он использует в качестве компайлера для кластерных вычислений?

anonymous
()

2anonymous (*) (2003-09-19 13:21:37.741255)

Тебя интересует, куда ты делся ?

anonymous
()

> Тебя интересует, куда ты делся ?

Я не Антихрист. Кроме того, мне не нравится то, что гонит академик Логунов.

Просто интересно, на чем у них в институте считают.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

Evgueni (*) (2003-09-19 08:56:38.291618):

> а всё таки для чего считаете то? Что хотите получить?

Я ж написАл: трехпетлевая двухточка. Иначе - пропагатор в 3-х петлях. Иначе говоря - рассчет самодействия частицы в 3 порядке теории возмущений. Точнее, один из основных интегралов для такого рассчета.

Или ты считаешь, что постройка коллайдеров - бросание денег на ветер?

Хорошо, вспомним недавний Брукхэвинский эксперимент по измерению аномального магнитного момента мюона (АММ). Даже в газеты результаты попали - отклонение от предсказаний Стандартной Модели превышали погрешность эксперимента. Новая физика?

Потом заглохло все - слишком большие погрешности при ТЕОРЕТИЧЕСКИХ рассчетах. Кстати, эффективно АММ сводится к двухточке.

Кстати, измерение АММ - первый в истории шанс (теоретический) на построение эталона массы. Длины - есть, времени - есть, а массы нет до сих пор. Все еще болванка в Париже.

> Здесь пока описание именно математической задачи.

А что, математика - не наука? Или она - бесполезная наука?

Про матрицу (конечно, там не обращать матрицу надо было - я забыл конкретную проблему, помню только, загвоздка была в плохо обусловленной матрице 10x10) - несколько лет назад мой приятель - твердотельщик с этим маялся. После двух месяцев бесплодных ковыряний с литературой написАл MPI прогу на Бейливском фортране, и все решилось за ночь на кластере из 40 Альф.

Короче, все, что я хотел сказать: иметь под рукой ОЧЕНЬ большой параллельный компьютер - для всех бывает полезно. И чем больше, там лучше.

Die-Hard ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от R00T

FORTRAN 90 и mpich

2 R00T:

> Но компилятора g90 на сайте ftp.gnu.org нету (и, видимо, потому его нету и в Slackware)...

Естественно, GNU'-тый компилятор не понимает FORTRAN 90.

> Отседа идиотский вопрос: а откуда он взялся в Debian и в Red Hat??? :-)))

Да ниоткуда. Просто в лабе [почти] везде есть какой-нибудь [не GNU'-тый]
компилятор -- NAGWare Fortran 90 | Compaq Fortan 90 | ifc,
и ./configure их благополучно находит (если я не указываю --disable-f90 --disable-f77 , мне FORTRAN'-а и даром не надо).

> Да и вообще, когда ты, наконец, будет отвечать на мои ауканья в аське??? ;-)

Тогда, когда на то будет причина и/или желание. Но, похоже, нет и не предвидится.

Dselect ★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

>к.т.н
Дык этож ни разу не физик ! Это ж по гайкам вроде бы степень ;)

sS ★★★★★
()

Die-Hard (*) (2003-09-19 14:46:06.720351) - ааа, так бы сразу и сказал. ИЯФ им. Будкера, в этом эксперименте поучаствовал - R измеряли.

Но ведь это очень специфическая задача - задачи где параметры измеряются с такой точность можно по пальцам пересчитать (хватит одного пальца :) )

Математика - наука. Безусловно, но вот только эксперимента к ней не поставишь :( .

P.S. А по поводу твердотельщика - тоже понятно :) - задача ведь решилась в лоб, а значит были более простые методы решения - просто опыта не было.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Луговской и вам самолюбие ущемил. Грамотный кадр. В письме по вашей ссылке готов подписаться под каждым его перлом (хотя матов не использую и не люблю).

При всём уважении к вашей технической кандидатской не лезьте туда где ничегошеньки не понимаете, а то появится Антихрист и объяснит что по чём.

Evgueni ★★★★★
()

O'k - извиняюсь беру свою гипотезу обратно. В Японии это действительно не пройдёт.

Evgueni ★★★★★
()

VeriSign added a wildcard A record to the .COM and .NET TLD DNS zones

O'k - извиняюсь беру свою гипотезу обратно. В Японии это действительно не пройдёт

Помнится, NEC, в рекламных целях продавал время на своих

суперкомпьютерах через inet, ~$100/час,

Sun-ch
() автор топика
Ответ на: комментарий от Evgueni

2Evgueni

про тн и фмн ;)

Расскажу историю недавнюю про одного мужика который в прошлом году защитил дохтурскую (тн) а до этого он был кфмн и работал (и работает) в одной из РАН-овских шарашек в Москве (не буду уточнять на всякий случай ;)). Когда мне мой начальник принес один из его "трудов" я катался минут 10 по полу ;).
Задача в общем тривиальная - спрофилировать некую трансзвуковую
трубу для разгона в ней частиц до максимальной скорости ...
Этот перец написал для этого дела одномерную стационарную модель без учета вязкости (это в канале то !!!) про то что бывают там какие то пограничные да еще и турбулентные слои он видимо если и слышал до сделал вид что это нечто несущественное и вот заложив вот такую постановку он приложил к получившимся примитивным уравнениям какой то не знаю откуда тянутый метод оптимизации и получил супер-дупер профиль канала по которому частицы разгоняются поистине до космических скоростей при смешных начальных давлениях - причем это все построено как у академиков водится в безразмерных координатах - более того он построил девайс и якобы экспериментально подтвердил свою теорию (я правда ничего кроме косвенных измерений "влияния лунного света на рост телеграфных столбов" у него не обнаружил) Ну и что ты думаешь - написали ему нормальный отзыв на его поделие (зачем ссорится с полезными людьми) - вот только защищатся он пошел ... правильно - в закрытый ученый совет к военным (потому что человек полезный ;)) а вы говорите физика новая ;) Это вообще дети в песочнице по сравнению с тем что бывает. Хорошо хоть таких перцев не допускают до проектирования серьезных вещей.

sS ★★★★★
()

2sS. Это как раз к дискуссии про образование. Плодятся такие Мамаевы, Акимовы и прочие дятлы со страшной скоростью.

anonymous
()

2All

Спросил я у мужика про 900 головую санку в Кембридже
- Говори что реально цену знают только большие финансовые начальники но по его опыту это около 10% реальной - остальное спонсируют разные фонды или даже сам Сан

sS ★★★★★
()

Военные бывают почище ктнов :(. У нас в институте работает главный борец со лженаукой (всё путём - нормальный мужик) - лекцию как-то устроил на эту тему. То чего он порасказал - волосы дыбом встают. Информация, что во флоте у нас есть официальный астролог в звании капитана второго ранга - это семечки :(.

Evgueni ★★★★★
()

VeriSign added a wildcard A record to the .COM and .NET TLD DNS zones

остальное спонсируют разные фонды или даже сам Сан

Дык им за это налоги снижают.

Мне рассказывали, что люди выкидывали нераспакованные ws от Sun,

т.к. уже прислали новые

Sun-ch
() автор топика

За ... мучился я маленько, читая сий тред. Случайно удалил не то сообщение.

Восстанавливаю - извините, виноват - а что я могу?

Re: Re: Linux super-cluster для ядерных исследований

http://www.csa.ru/~il/Parallel/mpich4win32.shtml

оч. интерестная реализация MPICH для win32. Читаем внимательнее

anonymous (*) (2003-09-19 21:41:15.643495)

Die-Hard ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от R00T

ты сам то понял че сказал?

///система кластеризации будет использована? Beowulf, MPI, MPICH или что-то другое?

первое название проекта, второе интерфейса межузлового взаимодействия, а третье реализация второго.

итого, килограмы поможенные на километры и деленные на попугаев...

int21h
()
Ответ на: комментарий от R00T

каша...

у Вас в голове пардон каша... читайте книги - они рулез!

int21h
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.