С удивлением узнал тут, что многие продолжают страдать от кривого /usr/share/applications/mimeinfo.cache, где первоочередной софтиной для открытия PDF прописан GIMP, а уже потом evince и xpdf. Вот маленикий скрипт, который исправляет эту проблему - http://saahriktu.org/downloads/bugfix/mimeinfo.cache_patch_pdf_gimp-20150203.sh .