Предположим у вас стоит Debian или один из основанных на нём дистрибутивов. В какой-то момент вы решили установить какой-то новый пакет - сделали sudo apt-get install <имя>. Пакет установился и притащил с собой ещё 50 - 100 других пакетов. Затем, попользовавшись новой программой, вы решили её адалить - sudo apt-get purge <имя>. А что будет с остальными 50 - 100 уже ненужными зависимостями? Как от них избавиться?
Проблема напоминает задачу сборки мусора в Java.