Странности со скоростью VPS

и кто виноват?

Ты виноват, что даже traceroute не умеешь, а на домашнем компе у тебя скорее всего винда. Только не надо тут спрашивать как им пользоваться.

Ну вот выхлоп:

riniko@riniko:~$ traceroute www.yandex.ru
traceroute to www.yandex.ru (77.88.55.55), 30 hops max, 60 byte packets
 1  10.111.0.1 (10.111.0.1)  0.273 ms  0.298 ms  0.301 ms
 2  msk.piter-ix.yandex.net (185.1.160.87)  0.616 ms  0.516 ms  0.529 ms
 3  10.12.2.1 (10.12.2.1)  5.452 ms sas-32z5-ae2-1.yndx.net (87.250.239.203)  6.401 ms *
 4  10.1.5.1 (10.1.5.1)  11.767 ms 10.14.3.1 (10.14.3.1)  5.518 ms 77.88.55.55 (77.88.55.55)  1.527 ms

в районе 16 мбит/с (из заявленных до 200).

Разве 16мбит это не «до 200»?

В целом вопрос, а в какую сторону копать, и кто виноват?

Хостер говно. Ну и 3proxy не нужен в современных реалиях, есть shadowsocks.

Страна расположения Россия

Что делать и кто виноват?

speedtest-cli

Помню, в версии из репов убунты был баг и надо было стороннюю качать.

из заявленных до 200

Для VPS эта скорость делится динамически на всех твоих соседей по ноде.

Если нужен стабильный канал - нужно доплачивать, но сумма тебе не понравится.

Когда-то в подобной ситуации смог договорится с хостером третьего эшелона на гарантированные 20 Мбит/с на свой VPS. Более крупные просто разведут руками, если не «позолотишь ручку».

кто виноват?

Маркетинг и твои завышенные ожидания.

Ищи другого хостера.

speedtest-cli часто выдает всякий бред,
дла пингов есть ping, traceroute, mtr

для тестов скорости - скачивание/отправка файлов
http://speedtest.tele2.net и подобные
а также iperf3

Ну и конечно же VPS.. перегрузки процессора, дискового IO (если хлам), сети...

Если дешевая VPS-ка проще забить )

Благодарю :)

Попробуй ещё глянуть утилиту mtr. Удобненько.