New Super Mario Bros. Wii - почти ничем не отличается от классического Super Mario Bros. 3. А если ты про 3д версии, типа Super Mario Galaxy, то да, там геймплей абсолютно изменился, но Трайну это вроде не грозит.
Ну дум-квейк никогда нативными и не продавались (хошь-не хошь, а виндовый диск тогда был нужен с файлами данных), в отличии от. Насчёт игр серии Unreal не помню.
Насколько я знаю, нативная версия первой части делалась сторонней конторой, которая потом вроде как зажала исходники. Поэтому в стиме выпустили только Enchanted edition на движке второго трайна.