Из описания этих функций совершенно не видно какой-либо разницы. Несколько простых тестов тоже не позволили её определить. Она реально есть или их поведение совершенно идентично?

Когда то написал небольшую кросплатформенную библиотеку для C++, которая позволяет создавать дочерние процессы и работать с их потоками (ввода, вывода и ошибок), как со стандартными потоками C++. Однако, с тех пор, фактически совсем перестал писать на С++ и поэтому никакой мотивации для развития данной библиотеки не имею. Жалко, код пропадает :( Поэтому, разыскиваются разработчики, имеющие потребность в подобной библиотеке и желание заниматься её развитием :)

Сайт проетка: http://code.google.com/p/popenplusplus/
Чуть (не намного) больше информации чем в данном посту есть здесь: http://archimag-dev.blogspot.com/2009/01/popen.html