LINUX.ORG.RU

Выпущен UGENE 1.6.0


0

0

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

UGENE отлично работает на Windows, Mac OS X, GNU/Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.

Основные возможности:

  • Множественное выравнивание последовательностей;
  • Анализ с использованием скрытой модели Маркова;
  • Дизайн ПЦР-праймеров;
  • Предсказание вторичной структуры белков;
  • Филогенетический анализ;
  • Поиск сайтов рестрикции;
  • Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
  • Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов;
  • Поиск открытых рамок считывания;
  • Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана.

>>> Подробности

★★☆☆☆

Проверено: hibou ()
Последнее исправление: hibou (всего исправлений: 2)

Надо посмотреть, может окажется полезной

Asteronix ★★★
()
Ответ на: комментарий от mclaudt

Не соглашусь. «Пара знакомых терминов» — это уже направление поиска (если надо, конечно). Лишь бы не выдавать незнание за знание.

gns ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

> Алгоритмы поиска корреляций и чистки от шумов везде почти одинаковы с разными оптимизациями под задачи.

Ну, это уже предполагает, что задача поставлена и известна.

gns ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от iefremov

> К сожалению, из нашей статистики вес линукса не очень велик.. Невиндовых пользователей у нас треть.

Треть невиндовых - это же уже кажется много. К тому же вы используете кроссплатформенный тулкит, по идее поддержка многих систем не забирает много ресурсов. Или это не так?

Но главное - развития и удачи проекту.

AlexKiriukha ★★★★
()
Ответ на: комментарий от anonymous

> Ну наконец то теперь можно делать вирусы для пиплов.

Мелко.

Предлагаю клонировать Луговского. Надо попросить его опубликовать свой геном под свободной лицензией.

pitekantrop ★★★
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

> CUDA работает пока только на винде.

Ты про CUDA вообще? Тогда это бред.

anonymous
()

радует что делают специализированные открытые программы для науки

Sylvia ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от gns

>вторичная — это форма и пространственная структура полученной молекулы
это укладка молекулы в альфа-спираль или слоистую бета-структуру,
а вот ориентация всего этого в пространстве - третичная

Sylvia ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от pitekantrop

Хотет! А потом скрестим его с клоном Новодворской и выведем расу сверхчеловеков!

yet_another_anon
()
Ответ на: комментарий от AlexKiriukha

Спасибо за пожелания!

Не могу сказать много или мало, но определенные ресурсы на это требуются. Это и целый зоопарк машин, на которых идет тестирование - пачка разных линуксов, интеловский и PPC макинтоши, винда.

Это и постоянные, очень трудноуловимые баги, которые могут проявляться в зависимости от третьей цифры в версии Qt, от версии компилятора, от разницы между Mac OS 10.4/10.5/10.6, от разницы между виндой XP, Vista, 7.

Такие штуки как поддержка CUDA/ATI Stream/Cell требуют отдельных затрат.

Т. е. качественная поддержка кроссплатформенности - это достаточно серьезная задача.

iefremov
()
Ответ на: комментарий от iefremov

А почему именно CUDA, а не OpenCL ? Так бы поимели халявную поддержку NV + ATI + многоядерных процессоров с SSE3+

anonymous
()
Ответ на: комментарий от Stalin

Гасфилда я читал. Более того, одно время была настольной книгой по работе. Это при том, что я к биологии никоем боком не отношусь. Просто в ней хорошо описан аппарат решения определенного достаточно универсального класса задач.

Burbaka ★★
()
Ответ на: комментарий от drfaust

В таких науках хватает.
Им по долгу работы приходится разбираться и в кластерных вычислениях, и в линуксах, и в моделировании разного рода программном/математическом, и языки какие не какие учить...
В общем, разбираются :)

anonymous
()
Ответ на: комментарий от anonymous

> А почему именно CUDA, а не OpenCL ? Так бы поимели халявную поддержку NV + ATI + многоядерных процессоров с SSE3+

Потому что решение на CUDA мы сделали когда еще OpenCL был только в виде черновика документа. До OpenCL тоже дело дойдет.

iefremov
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.