Unetbootin создаёт не грузящуюся флешку

не находится в списке загрузочных девайсов.(обычно нормально)

Не понятно.

syslinux какой версии?
Попробуй вытащи/вставь флешку.

2:4.02+dfsg-7
2. пробовал

а вот via dd для гибридного образа дебиана загружается нормально

4.02+dfsg-7

У меня 4.05 сейчас работает, хотя раньше на первых 4-х версиях тоже не грузил, удерживал 3.6-какую-то версию и работало.

Fat32, flags^ boot, lba.

А MBR у флешки есть?
cat /usr/lib/syslinux/mbr.bin > /dev/sdX

По этой причине я не пользуюсь unetbootin, а прогоняю образ через hybridiso с последующей заливкой его на флешку.

Unetbootin должен автоматически его ставить.

man dd