Не знаю, чего там разработчики колдовали с CFQ и CFS в последние годы, но при банальном копировании большого файла с раздела на раздел наблюдаются нехилые тормоза: gcalctool, к примеру, запускается минуту вместо пары секунд при отсутствии нагрузки. Debian Lenny, симптомы наблюдаются как при использовании дистрибутивного ядра, так и со самосборным (1000Hz таймер + complete preemption). Чипсет nForce 410, sata-винт, судя по dmesg - NCQ включен. На разделах - ext3, судя по fsck, фрагментация - чуть больше 1%. Так вот, это нормально?