К сожалению я не работаю с PHP но думаю, что указанная связка и MySql независимы друг от друга. То есть MySql это обычная клиент серверная СУБД, ее надо установить по инструкции, она запустится в виде демона и будет слушать какой-то порт. А у PHP я думаю есть какой-нибудь API или драйвер для подключения к MySql
Да. Два независимых продукта.
Аналогичная ситуация с перл, но для перл к апачу есть perl_mod или что то в этом роде, которые не выгружают скрипт и с помощью этого модуля можно постоянно находиться в коннекте с мусквель, к сожелениею большей информации не имею :(