Ядро можно поставить откуда и куда угодно. Если, конечно, в оригинальном нет какой-нибудь существенно необходимой для работы на данной системе заплаты (т.е., вы не сможете поставить ядро от RH, скажем, на Mandrake если у Вас корневая система на xfs). Но это очень редкий случай.