Ковыряние в gconf (/desktop/gnome/peripherals/keyboard/indicator/showFlags = true) не помогло. И стало интересно почему.. Иконки лежат в ~/.icons/flags в двух видах: svg и png. Но индикатору абсолютно пофиг, как был текст - так и есть... Куда копать? :)
Конечно, можно выяснить. Даже запросто. Во-первых, есть переменная окружения XKL_DEBUG, если ее поставить в 200 (или больше) - будет много разной ругани в консоли, может, чего интересного расскажут. Во-вторых, в libgnomekbd есть набор всяких тестов, включая тест индикатора (без апплетн-панельного окружения) - можно с ним поиграться.