Хз, emerge в глаза не видел. Еще можно set -x в начале потенциально ошибочного баш-скрипта воткнуть. Это если скрипт/конфиг на баше, что из твоих постов не понятно.
strace огромный выхлоп даёт.
Ну попробуй strace -f -e trace=open,unlink emerge. Последний open не системных файлов должен быть проблемный скрипт. strace -f -e trace=open,unlink command 2>&1 | grep хрензнаеткактвоискриптыназываются может помочь.
Это если скрипт/конфиг на баше, что из твоих постов не понятно.
Набор экспортируемых переменных. Башик питоном запускается.
Ну попробуй strace -f -e trace=open,unlink emerge. Последний open не системных файлов должен быть проблемный скрипт. strace -f -e trace=open,unlink command 2>&1 | grep хрензнаеткактвоискриптыназываются может помочь.
Да в том то и дело, что оно не падает, а просто ругается. Ладно попробую погрепать по /etc/portage и /var/lib/layman.
У меня такое было только когда я под сильными веществами сменил bash на zsh, снёс bash и слинковал все шеллы на zsh. Чинил тоже под веществами, потому ничего дельного предложить не могу.