поиск бинарной последовательности

Находишь вхождение первого байта твоей последовательности в считанном блоке, дальше по маске сравниваешь с точки вхождения.

$ grep -F "$(printf 'D\344\004\bD\344\004\b\300')" -r /bin      
Binary file /bin/ls matches

Если эффективно - гугли по алгоритмам поиска подстроки.

> Если эффективно - гугли по алгоритмам поиска подстроки.

фраза "в наборе файлов из каталога с подкаталогами" подсказывает что вовсе не алгоритмическая сторона вопроса волнует топикстартера..

Точный поиск подстроки в строке http://algolist.manual.ru/search/esearch/

А также - поиск строки по шаблону в дереве файлов: tgrep http://wm-help.net/books-online/book/21226/21226-5.html#2_1_3