Если приложение ваше самодельное - научите его создавать и лочить pid-file. Если нет и система родная для этого сайта - man 1 flock (while true; do flock /var/run/pidfile myprog; done).
Если не помогает (приложение само "демонизируется") - man pidof, но это не решает второй проблемы. Впрочем, если у вас нет конкурентных 100 юзеров, это обычно неважно.
ЧТо ты видишь по ps? proctitle(). А это не то что надо сверять: посмотри какой титл у, скажем, vsftpd?
Дальше. Сколько процессов ты порождаешь на ps|grep|grep -v? по крайней мере три. Плюс этот скрипт от крона (что требует рабочего крона). При LA > 50, например, на этот метод можно не надеяться вообще.