WM отвечает за управление окнами и никаким образом не связан с используемыми по умолчанию приложениями. Кто отвечает за используемые по умолчанию приложения и как это настроить расскажет кто-нибудь другой, потому что у меня с терминалами и emacs проблемы нет.
я тебе говорю что ты не в ту сторону копаешь, а в какую сторону копать - тебе подскажет кто-нибудь другой, потому что я пользуюсь тем окружением, в котором копать вообще не нужно.
Конкретно это выражается в наличии в openbox-session поддержки /etc/xdg/autostart/ и ~/.config/autostart/ Открытием ссылок занимаются сами приложения :)